در یزد موزه های متعددی وجود دارد که برخی از آنها در کشور شاخص هستند:
موزه آب: واقع در خیابان قیام. مرتبط با قنات
موزه مارکار: خیابان دهم فروردین. نزدیک ساعت مارکار. مرتبط با زرتشتیان
موزه نور و روشنایی: خیابان کاشانی. روبروی پارک هفتم تیر. تنها موزه تخصصی در ایران در خصوص روشنایی.
موزه تخصصی دیرینه شناسی کامبرین: خیابان دهم فروردین، کوچه دروازه قصاب ها، جنب آب انبار شش بادگیری. نمونه های فسیلی از انواع بی مهرگان و غیره که نه تنها در سطح کشور بلکه در سطح دنیا منحصر به فرد می باشند.
موزه تاریخ طبیعی: بلوار دانشجو.سازمان حافظت محیط زیست یزد. در خصوص تنوع زیستی استان یزد
موزه سکه و مردم شناسی حیدر زاده: محله فهادان. نزدیک زندان اسکندر.